对申请人的作用：有助于其顺利参与各类经济活动。在许多交易中，对方可能要求提供担保以降低风险，申请人通过提供保函，可以满足对方的要求，增强自身在交易中的信用度，从而更容易获得合同、订单等商业机会。
交易情况变化：若基础交易因不可抗力、市场变化等因素导致预付款使用周期改变，双方可协商调整保函期限。如在工程建设中，因自然灾害导致工程延期，预付款使用时间延长，双方可协商延长保函期限。
协商的一般流程
提出协商：由申请人或受益人根据实际情况，向对方提出关于预付款保函期限协商的请求，并说明理由。
双方沟通：申请人与受益人就保函期限调整的具体事宜进行沟通和协商，各自阐述利益诉求和考虑因素，寻求双方都能接受的解决方案。
达成一致：经过协商，双方就保函期限达成一致意见后，形成书面的协议或补充协议。
通知担保人：双方将协商一致的结果通知开立保函的银行或担保机构，由其审核并办理相关的保函期限调整手续。
从风险保障角度看
预付款保函的核心作用是保障预付款的，确保在申请人未能按照合同约定使用预付款或履行相应义务时，受益人能够得到补偿。即使预付款已经使用完毕，但在项目执行过程中可能还存在其他与预付款相关的潜在风险，如因申请人原因导致项目中途停滞、质量不达标等情况，可能需要用预付款进行弥补或扣除相应款项，所以保函期限超过预付款使用期限能为受益人提供更的风险保障。